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In einigen Spielen können Daten von einem amiibo eingelesen aber auch darauf gespeichert werden. So können beispielsweise Fähigkeiten oder ein erreichtes Level für einen Charakter gesichert werden. Pro amiibo können nur Daten von einem einzigen Spiel gespeichert werden. Um die Speicherdaten eines anderen Spieles auf den amiibo zu übertragen, müssen die alten Daten zunächst gelöscht werden.
In anderen Spielen können ausschließlich Daten von einem amiibo eingelesen werden, damit Inhalte, die mit dem eingelesenen Charakter verbunden sind, in das Spiel übertragen werden. Die Lesefunktion ist auch möglich, wenn sich auf dem amiibo Speicherdaten eines Spiels befinden. Die Speicherdaten werden davon nicht beeinflusst.
Über die amiibo-Einstellungen in der Konsole ist es auch möglich, ein Mii und einen Spitznamen mit einem amiibo zu verknüpfen.